大和神道会的源起，是来自于日本在明治维新前期的那一段政治动荡。十九世纪中叶，日本面临严重的内忧外患夹击，国家局势面临重大挑战，一场巨大的变革已是势不可免。

对内，德川幕府晚期面临前所未見的体制危机，特别是财政急遽恶化、通货膨胀日益失控、城市里大量无业流民流窜，以及农村土地兼并严重等问题，这些状况都导致德川幕府的威信下滑，眼看即将失去对局面的掌握。

另一方面，随着十八世纪中叶的皇国主张兴起，已经没落数百年的皇室声望逐渐抬升，不再像过去受到幕府的任意摆布；此外，一些原本就不受幕府节制的西南外藩如长州、萨摩、土佐与肥前等藩阀改革成功，政治经济实力大为增强，成为足以与德川幕府分庭抗礼的新兴势力。

于是在德川幕府末期，政治上已经逐渐从原来幕府绝对统治的一元政治体制，转变为在主权上，由皇室与幕府并立，在行政上，则是幕藩二元的体制。

对外，自从一八四零年鸦片战争后，西方列强陆续打破清廷的闭关政策，相继取得贸易与通商权力，连带的日本也遭遇到列强要求开放的压力，这也让日本一直以来坚持的锁国立场明显出現动摇。

到了一八五三年黑船事件爆发，美国海军舰队直接闯入江户湾，强迫德川幕府与之谈判，德川幕府无视当时皇室下达攘夷要求，径自与美国签订《日美神奈川条约》，同意向美国开放两个通商港口，并给予最惠国待遇，于是宣告了日本锁国政策的正式结束。

此后英法等西方列强相继与德川幕府订定一系列不平等条约，这不但造成由尊皇派主导的舆论高度不满，与西方列强间的不平等贸易也加速社会经济的动荡，同时更与皇室间的关系急遽恶化，尊皇攘夷的对立一时甚嚣尘上，于是便有了后来的王政复古。

于是，部分与列强有过交涉且具有维新意识的藩士们开始结成军事联盟，并尝试与天皇接触，各方共同达成倒幕主张，到了一八六七年，新继位的明治天皇向倒幕派送去了许可倒幕的密诏。

当时的幕府将军德川庆喜为了转移矛头，表明愿意将政权归还给天皇，但仍拒绝交出兵权与领地，并计划利用天皇重新掌政，在倒幕派皆对政务运作不熟悉时，派遣他的家臣进入政府，藉协助之名掌控政治。

正是因为如此，政府内倒幕派与德川派的斗争渐趋白热化。明治天皇在一八六八年宣布废除幕府，将一切权力重新收归手中；当倒幕派得知德川庆喜决定从大坂出兵向天皇发动进攻时，旋即派出以萨摩藩、长州藩成员为主力的军队，在京都附近展开激战。

也就是在这样的背景下，大和神道会于是诞生。一方面是为了确保皇室安全，不至于受到德川幕府的武力威胁，同时也避免倒幕派的各地藩阀突然从天皇的手上夺权。

另一方面，维新之势已在所难免，为了确保日本能在天皇的带领之下顺利进行改革，大和神道会在台面下扛起所有脏活累活的重责大任，替天皇扫除一切在维新路上的障碍。

直到明治维新逐渐步入正轨，日本国势也日复一日的愈见强盛，不过二、三十年时间，日本便已跃身强国之列，并受到西方列强的认可，于此同时，大和神道会也随之功成身退。

尽管如此，大和神道会对皇室的支持仍是丝毫未减，只不过是换个形式及方法继续存在，尤其在立宪之后，内阁的强势地位逐渐来到不可一世的高峰，再加上大和神道会的背景与内阁又有着高度重迭，只好让大和神道会转为沉潜低调。

经过了数十年的鸭子划水，时间来到一九三一年的九一八事件前夕，日本在占领了朝鲜半岛多年之后，终于将把魔爪继续向西延伸，于是，大和神道会又开始活络了起来。

做为一个长期汉化的国家，尽管日本曾在一些局部地区的小规模战争尝到甜头，同时在军事与综合国力上也保持着明显优势，但是在面对自己长期模仿效法的国家面前，日本仍不得不戒慎恐惧，毕竟要将几百万军队撒到四万万人生活的土地上，那可不仅仅是一桩豪赌，弄不好还得满盘皆输。

在这个关键时刻，大和神道会为了对天皇效忠，于是又再次重现江湖，尽管仍是一贯的低调沉潜，却已经一马当先的为皇室开拔到最前线去。

然而，当年那十一个大和神道会的青年，一开始却不是为了天河市的辜家老宅而来，而是为了一种神秘的解毒奇药，神农百灵丹。

众所周知，当年的日军极为热中生化武器的研发，在许多地方都设有细菌实验室，尤其当有了取之不竭的试验品后，更是毫无顾忌地进行大规模的人体试验，不论是做为战场上的攻坚利器，或是监狱中的刑求工具，生化武器早已是日本侵略世界的核心战略之一。

只是自古以来，制毒的人最忌惮的就是解毒的人，日军既然视生化武器为常规武器，自然得确保它的效果一如预期，要达到这个目的，除了日以继夜的在人体上做着各种试验，更重要的就是确保这些生化武器无药可救。

日本的生化武器是是以西方生物学与化学为基础而发展，在临床的实验上，早已确认了西方医学在这些生化武器上的疗效有限，但是日军却对此依旧不敢掉以轻心，因为汉化已久的日本，向来知道在广大辽阔的东土之上，还有许多神秘奇效的汉药。

一直以来，汉医最为人诟病误解与最为人津津乐道的便是它的非标准化。同样的病症，可以有着不同解方，同样的解方，在不同大夫手上也有着不同疗效；换句话说，不管是医术优劣或是药效高低，不但因人而异，甚至是因地、因时而异。

也就是这种不确定性，让日军在制造与使用生物武器时，总得有着更多考虑，好预防不知从哪个地方突然冒出来世代相传的千金药方或是妙手回春的在世华陀。

而神农百灵丹，就是因而出现在日军的视线之中。因为原本预期在三个月里结束整个战事的妄想破灭之后，他们便疯狂地四处展开攻城略地，一开始因为他们的武器精良，士兵素质优异，所到之处无不摧枯拉朽，因此生化武器几乎没有用武之地。

直到日军来到距离天河市五百公里远的土家湾。土家湾是个位于天河市南边一座名叫天南大山边的原始村落，山上森林延绵百里，四处满是参天巨木，一般人根本不敢轻易走近这个生人勿近的禁区。

除了险峻的地理环境让人却步，最关键的是土家湾周遭到处充满毒物，在高大浓密的草木之间，不知生活着多少蜈蚣、蜘蛛与毒蛇，牠们将土家湾这个地方层层包围成一个与世隔绝的世外桃源。

除了这些让人毛骨悚然的致命毒物外，更有无时无地不垄罩在四面八方的瘴疠之气，绝大多数误闯天南大山的迷途者，多半还撑不到见着蜈蚣、蜘蛛与毒蛇那些毒物，就已经倒在一年四季各擅胜场的不同瘴疠之气。

位于天河市南方的天南大山，原本并不在日军前往天河市的必经路线，一来是日军的行进方向若不是由东而西，就是由北而南，位于南方的土家湾根本就不在日军的计划范围之内。

二来是天南大山是一大片地广人稀的原始林区，不管是日军沉重繁琐的装备锱重，或是数量有限的作战兵力，都不该将部队带进土家湾里。

然而，因为某些特殊原因，日军在距离天河市几百公里外便停驻不前，足足持续了好几个月的对峙局面。

但是这段时间日军可也不曾闲着，为了带给天河市更大的压迫与威吓，日军采取坚壁清野战术，蚕食鲸吞的将天河市方圆数百里外的区域一一肃清，时间一长，即便是天南大山这座位于并不顺路的天河市南方，也成了日军扫荡的目标范围。