她开始思考，也仅仅只能思考。
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安德医生很忙碌，他知道自己已经时日无多，而自己必须要做的事情，并且，自己所要做的这些事情，并不一定能够成为决定性的关键。他只是尽量去做罢了。在黑暗的高塔中，他获得了许多不可思议的体验，那是在过去从未想象过会存在的，那不是具体的某种事物，而是一种变化过程，直到现在，他仍旧被这些不可思议的，充满恐怖，让人绝望的变化困扰着。他阅读了“高川的日记”，在一种幻觉的状态下在宇宙中航行，还亲自用笔写下了“幻梦境”这个词语。这一切代表什么？他有过不少连自己都只能颤栗，觉得大脑冰冷的猜想，但是，猜想至今也仍旧是猜想。
安德医生花费了极大的精力，才脱离了那膨胀的猜测，将自己的目光重新拉回这个“浅薄的，渺小的，表面化的”世界中。他认为，是自己身为研究者，更注重实际的素质拯救了自己，然而，他也意识到了，自己所产生的这些幻觉，那不可思议的体验，或多或少都是和自己“已经是一个末日症候群患者”的实际情况有关的。只要自己无法解决“病毒”，那么，那些不切实际的猜想，那些让人无法控制的幻觉和思考，以及伴随这种精神迷幻的体验而来的身体生理上的病变，将永远都得不到根本性的解决。
在过去，病院中的研究者们唯一可以为末日症候群患者所做的事情，仅仅是针对特别情况，配置一些特效药，以暂时缓解病痛。然而，如今已经没有特效药了，没有足够的设备，没有系色中枢，也没有相关领域的丰富知识和绝妙灵感，是不足以完成特效药的。在特效药方面拥有卓越贡献的那些研究者，诸如阮黎医生和她的导师等人，不是死了，就是不在这里。
这个高塔是如此的黑暗，如此的封闭，如此的让人绝望。有一段时间——安德医生不知道自己浪费了多长的时间——他都是在一种浑噩的状态下徘徊。他不得不承认，在高塔中的那些不可思议的体验，都深深动摇了自己那颗自诩坚强的心脏。
最终让自己振作起来的，安德医生认为，正是自己那微不足道的自尊心。
他不想就这样死去，他不知道自己还能做什么，是否正确，但是，无论什么都好，自己不能什么都不做。
于是，他开始回忆自己来到病院后所接触过的每一项研究，以及每一项研究背后的意义，以及其代表的不同的境况。他尝试将自己所知道的一切，无论是幻觉一般的认知，还是在自己认知中更加切实的东西，用一条更加明确的线串联起来，试图得到一个更加清晰的答案——这个答案并非是要告诉自己，为什么这个世界会变成这个样子；也不是为了告诉自己，如何才能拯救自己；而是为了让自己知道，自己还能够做点什么。
之后，他得到了答案，这个答案也同样回到了原点：他唯一可以做的事情，就是继续对“人类补完计划”的研究，将新到手的因素和拼图，和过去已经得到的成果有机结合起来。在他自己看来，自己的做法已经开始背离科学研究的基础了。因为，那些因素和拼图，有许多仅仅是自己的一个臆想，一种幻想，一个突然从脑海中迸出的声音，从来都没有被证实过。如果说，过去的“人类补完计划”至少在理论方面还算是实际，那么，如今连理论方面都有些不切实际。
然而，安德医生只能这么做，必须真么做。因为，如果他不这么做，自己就会不由得去续写《高川日记》，而续写那可怕的让人绝望的，充满了未知宿命感和虚无论的故事，只会让自己的精神更快地崩溃。他甚至觉得，假如来到这里，找到高川遗产的不是自己，而是其他的末日症候群患者，他们也同样会在一种不自觉中做同样的事情。
他在体验这个不自主的行为时，所产生的感受是：所有的末日症候群患者，都在续写《高川日记》。这本看似精神病人“高川”自己写下的呓语，根本就不是他一个写出来的，或许他觉得是自己写下来的，但推动他的，同样是一种让他不由自主的力量，是所有末日症候群患者那病态的综合性的精神意志——末日症候群患者之间的精神联系，正在以一种这样的方式，反馈到“高川”身上。
但是，既然知道这不是什么好事，安德医生就会竭尽全力避免自己去这么做。幸运的是，或者说，似乎充满了一种隐晦的必然性，继续深入研究“人类补完计划”正是唯一可以避免续写《高川日记》的行为。安德医生自己也不确定，这全然是自己的选择，自己的意志，因为，他自己也已经是一个末日症候群患者了。
他根据自己的想象力，重新剖析“高川”的遗产。包括那本宛如精神病人呓语的《高川日记》和那莫名其妙的卡牌。他从这些自己可以看到和触碰的东西，在脑海中追溯“高川”和那三个女孩的状态。他可以意识到，在自己进行思考的过程中，自己所置身的这一片高塔中的黑暗也并非是毫无变化的，并且，被隐藏于黑暗中，无法准确对其进行观测证明。
也许是自己的幻觉，有什么张牙舞爪的东西在黑暗中蠢蠢欲动，正是它们的蠢动，造成了这种黑暗变化的感觉，而它们的出现和蠢动，和自己的思考存在某种关系——就像是，自己的思考频率和方向，决定着它们的变化，如果仅仅如此，那几乎可以视这些怪物为一种幻觉。
安德医生就是将这一切自己感受到的，全都当作是幻觉，不加以理会。可是，在他的心中，有一个无比坚韧的心声，在否定这种当作幻觉的行为，让他始终觉得，这么做是错误的。他必须扛着这强烈的，直觉般的，如同自己心声一样的感觉，去做这些事情。
这是一件困难的事情，人们很难去做一件自觉得不对，同时也不会给自己带来任何益处的事情——哪怕是坏事，也必须至少在表面上，在一个自己可以认知到的短期益处。
然而，安德医生正是在一种违背自己心理的状态下，在黑暗的，没有足够设备的环境下，去继续自己的思考和工作。